Dzięki badaniom mitochondrialnego DNA ustalono, że koty domowe wywodzą się z populacji kota nubijskiego, która jest bardzo rozpowszechniona terytorialnie. Inaczej niż w przypadku pochodzenia człowieka nie udało się ustalić jednej mitochondrialnej kociej Ewy, od której wywodziłaby się cała populacja. W przypadku kotów domowych takich Ew jest pięć, można więc wyróżnić pięć pierwotnych populacji kotów domowych, dwie azjatyckie i trzy afrykańskie. Najstarsza haplogrupa IV-A z Anatolii dotarła także do Europy Centralnej, w tym i do południowej Polski, już na przełomie mezolitu i neolitu. Kolejna haplogrupa IV-B występuje wyłącznie w Azji Zahodniej. Haplogrupa IV-C pierwotnie występowała w dolinie Nilu, od Egiptu aż po Burundi. Dziś należy do najszerzej spotykanych w Europie i Azji dzięki rozprzestrzenieniu w epoce klasycznej przy pomocy śródziemnomorskich: fenickich, etruskich, greckich kupców. Dwie pozostałe IV-D i IV-E są dość rzadkie.
Udało się też ustalić, że do udomowienia kota doszło nie w Egipcie, lecz w południowo-zachodniej Azji czyli na Bliskim Wschodzie, tam gdzie doszło do pierwszej rewolucji neolitycznej w tzw. Żyznym Półksiężycu. Pierwsze koty zostały udomowione ok. 10.000 lat temu, a ich pierwotne występowanie obejmowało centra rolnicze. Do Egiptu koty domowe dotarły dopiero ok. 1500 r. p.n.e., czyli jakieś 3500 lat temu i zawdzięczały to głównie swoim zaletom behawioralnym jako domowi ulubieńcy. Nie znaczy to, że Egipcjanie nie znali wcześniej kotów. Były to jednak zwierzęta oswajane a nie udomowione. I tak kot błotny chaus pomagał Egipcjanom w łowach na ptaki wodne. Jest to jednak odrębny gatunek rodzaju Felis, który nigdy nie został udomowiony. Egipcjanie podejmowali wiele eksperymentów z hodowlą zwierząt, obejmujących nawet żyrafy czy hieny, nigdy nie wyszły one jednak poza sferę oswojenia. Egipcjanie trzymali również oswojone koty nubijskie, nie przeprowadzili jednak procesu udomowienia.
Najstarsze archeologiczne potwierdzenie udomowienia kota pochodzi z Cypru, gdzie odnaleziono datowany na 9500 lat temu, a wiec na okres neolitu przedceramicznego, grób dziecka, które pochowano z kotem. Ponieważ pierwotnie żaden gatunek kota nie występował na Cyprze, osobnik złożony do grobu, będący przedstawicielem kota nubijskiego musiał zostać celowo przywieziony na wyspę z kontynentu.